Sekretariat dipimpin oleh seorang Sekretaris yang dalam melaksanakan tugasnya bertanggung jawab kepada Kepala Badan, Sekretaris mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud sekretariat mempunyai fungsi:

• Mengoordinasikan pelaksanaan Reformasi Birokrasi;Pelaksanaan koordinasi kegiatan;
• Mengoordinasikan penyusunan rencana program dan anggaran;
• Pengumpulan dan pengolahan data serta pemantauan, evaluasi, pelaporan;
• Pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kerumahtanggaan,kerja sama, hukum, organisasi, hubungan masyarakat, serta kearsipan dan dokumentasi;
• Penyelengaraan pengelolaan barang milik Daerah dan pelayanan pengadaan barang/jasa; dan
• Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan.

Sekretariat membawahi:
a. Sub Bagian Umum; dan
b. Sub Bagian Keuangan.

Sub Bagian Umum sebagaimana dimaksud dipimpin oleh Kepala sub Bagian umum yang dalam melaksanakan tugasnya bertanggung jawab kepada Sekretaris.
Sub Bagian Umum mempunyai tugas:
a. menyiapkan dan melaksanakan urusan tata usaha;
b. menyiapkan dan melaksanakan urusan kepegawaian;
c. menyiapkan dan melaksanakan urusan rumah tangga;
d. menyiapkan, dan melaksanakan urusan tata persuratan, dan, kearsipan;
e. menyiapkan dan melaksanakan urusan kehumasan;
f. mengelola dan menginventarisasi barang milik Negara yang ada;
g. menyiapkan bahan penyusunan Iaporan kinerja;
h. menyiapkan bahan penyampaian Laporan Harta Kekayaan Penyelenggara Negara dan Laporan Harta Kekayaan Aparatur Sipil Negara;
i. mengoordinasikan penyiapan bahan Reformasi Birokrasi dan sistem Pengendalian Internal Pemerintah;dan
j. melaksanalan tugas-tugas lain Sub Bagian umum yang diberikan oleh Sekretaris.

Sub Bagian Keuangan sebagaimana dimaksud dipimpin oleh Kepala Sub Bagian Keuangan yang dalam melaksanakan tugasnya bertanggung jawab kepada Sekretaris. Sub Bagian Keuangan mempunyai tugas:
a. melaksanakan urusan tata laksana keuangan;
b. melaksanakan urusan perbendaharaan dan gaji;
c. melaksanakan urusan verifikasi dan akuntansi;
d. melaksanakan urusan pelaporan keuangan; dan
e. melaksanakan tugas-tugas lain Sub Bagian Keuangan yang diberikan oleh Sekretaris.